Eine vernünftige Wasserkühlung würde dein Budget wohl doch über Gebühr belasten. Kostet wohl so um die CHF 400-500.
Das Attribut "leise" ist auch mit einer guten Lüftkühlung und einer Lüftersteuerung zu erreichen.
Ich find die Idee gut, dass du Linux auf einer physischen 2ten Platte und nicht nur auf einer Extrapartition installieren willst, das kann dir 'ne Menge Aerger ersparen.
Ich habe eine DualBoot-Umgebung selber am laufen (WinXP/Ubuntu) und das ist ziemlich einfach hinzukriegen, man muss nur die /boot/grub/menu.lst richtig anpassen.
Zu deinen Fragen:
Kauf 'n Dualcore. Anwendungen die 4 Kerne auslasten sind noch zu rar für die Extrakosten.
2 GB RAM - Vista wird sich bedanken