Der grösste Unterschied zwischen Desktop und Server ist schon das Mainboard.
Wie du schon sagtest sind server meistens mit mindestens 2 Prozessoren ausgestatet. Das heisst aber noch lange nicht, dass jedes Dual Board automatisch ein Serverboard ist.
Bei richtigen Serverboard ist alles doppelt ausgelegt. Das heisst jedem Prozessor steht sein eigener PCI Bus zur verfügung. (Der PCI bus von Serverboards sind schneller als normale, also 66MHz/64bit oder gar 100MHz bzw. PCI-X)
Der Vorteil davon ist, dass eine Netzwerkkarte die viele Interrupts erzeugt, nicht gleich den ganzen PCI-Bus blokiert.
Allgemein zusagen müssen Server ausfallsicher gebaut werden, sprich redundant aufgebaut.
Dazu gehört sicher auch RAID. RAID 1 meistens für das OS und RAID5 für Daten. Dazu gehört sicher auch ne SpareDisk, damit auch bei einem HD ausfall der Server noch läuft.
SCSI ist von wichtig, weil die für einen 24/7 Betrieb gedacht sind und dies vom Hersteller auch garantiert wird.
Gigabit Ethernet ist vor allem im LAN von Vorteil. Doch wenn der Server nur fürs Internet fungiert ist das nicht so wichtig. Ich würde einfach drauf achten, dass ne anständige Netzwerkkarte drin haust.
Für deine Anforderungen reicht ein P3 800MHz locker und sogar ein 5'400er HD würde da reichen. Du willst ja nur einen FTP server und der braucht ja wirklich nichts zu können, da ist der P3 schon zu überdimmensioniert.