Ich hatte damals den Einstieg mit Redhat gemacht, war damals schon einigermassen benutzerfreundlich, aber schon nicht annähernd so wie heute. Ich musste eigentlich schon alles selber machen, und deshalb hab ichs auch recht gelernt. Von daher, wenn du vor allem die Konsole lernen willst und ein bissi in scripts rumhäcken, dann macht das am besten mit einer Distribution, die dir eben nicht alles vorkaut. Da hast du dann ne richtige Herausforderung und lernst alles von Grund auf. Ein Buch ist unabdingbar, schliesslich ist das keine scheiss dos shell. Und Achtung, das kann absolut zur Sucht werden!
In dem Fall würde ich Debian empfehlen. Das ist (oder war damals zumindest) so das Linux für die Checker, das konnte eben nicht jeder zum laufen bringen.
Sonst könntest du ein Buch kaufen, das direkt ne Distribution dabei hat und das so lernen.
Programmieren unter Linux ist sicher c und c++, und die Syntax kannst du auch für allerlei anderes verwenden. Javascript und Java benutzen ebenfalls die c Syntax, ich glaube auch php ist im Grunde davon abgeleitet. Die andere Richtung wäre dann Microsoft Basic mässig: Visual Basic, oder das Microsoft Pendant zu javascript, nämlich vbscript. Mysql ist ne Datenbankart, aber keine Programmiersprache. Hingegen ist SQL natürlich eine Sprache, um mit Datenbanken zu kommunizieren. Ist im Grund auch recht einfach, aber auch ziemlich langweilig. Das "geht" nicht wirklich was 
