Lies dich in TrueCrypt ein und verschlüssle deine komplette externe Festplatte, das wird vermutlich das einfachste sein.
Das Konzept dahinter sieht ganz grob so aus, dass du einen Behälter (Container) erstellst, welcher verschlüsselt ist. Du kannst ihn "mounten" (besteigen :D), das bedeutet, dass du diesen Container entschlüsselst und als Laufwerk bei deinem Betriebssystem einbindest.
Ich gebe zu, man braucht ganz fundamentale Grundkentnisse der IT, um dieses Programm zu bedienen, dafür ist es zuverlässig und du musst keinen Datenverlust befürchten.