hmmm.. hatte genau das selbe problem mal mit WinXP aber bei mir hats von heute auf morgen das cd-rom einfach nicht mehr erkannt, ausser im dos-modus...
aber aus erfahrung weiss ich, dass alte Motherboards oft probleme mit der laufwerk-zuweisung haben, dies führt dann dazu, dass das laufwerk zwar beim boot erkannt wird, in windows aber gar nicht oder fehlerhaft erkannt wird! (sogar wenn du richtig gejumpert hast, mit master und slave!)
an deiner stelle würde ich folgendes probieren:
1. überprüfe zuerst, ob die HD korrekt gejumpert ist, denn bei einigen exemplaren kann man zwei verschiedene master einstellen: master single (da darf dann wirklich nur das eine laufwerk ans ide-kabel gehängt werden) und das "normale" master, wo dann auch weitere laufwerke drangehen... überprüf also, ob du nicht versehentlich ersteres eingestellt hast!
2. falls dir (1.) nichts bringt, dann versuch mal die HD und das Cd-rom getrennt als master an je ein IDE-kabel anzuschliessen und falls nötig im Bios beide, also den primären und den sekundären Master auf enable oder automatisch einzustellen...
PS: hast du überhaupt die richtigen treiber für das cd-rom für win95?? win95 ist noch nicht ganz so "intelligent" und findet daher nicht immer den optimalen treiber!
hoffe, dir geholfen zu haben... 
