Wenn die Platte geklont wurde, dann ist auch der MBR drauf, sonst ist es kein Klon. Hat er nur eine Partition kopiert, dann muss der MBR wirklich noch separat ausgewählt werden.
Hast du direkt aus dem Windows geklont oder per Bootcd?
Was passiert den nach dem klonen, bootet die Platte überhaupt nicht (will heissen BIOS meldet das kein Bootlaufwerk vorhanden ist) oder gibt es beim Start von Windows einen Fehler?
Bei ersterem einfach mal Windows CD rein, in die Reparaturkonsole, dort fixboot und fixmbr ausführen. Danach sollte was passieren.
Bei zweiterem könnte ich mir vorstellen das dein Laufwerk bereits einen Buchstaben bekommen hat welcher nicht gleich C: ist und somit kann das System nicht mehr starten. Hab ich schon des öfteren erlebt.
Fürs saubere klonen am besten Mit einer Bootcd (ob nun Acronis oder irgendwas) booten, dann klonen, dann PC aus, dann Festplatten wechseln, die alte Bootplatte am besten komplett raus, dann starten.