Ja hatte ich auch schon! Ist im Bios das richtige Bootlaufwerk aktiviert?
Windows stellt das beim installieren gerne mal um. Bei mir musste ich immer auf SCSI stellen.
Was hast du denn sonst noch zur auswahl?
Oder kannst du bei HD noch die zu startende HD auswählen?
die sogenannte onboard-"kacke" sollte deaktiviert sein, falls das auf deinem board vorhanden ist. könnte sein, dass sich das gegenseitig eine wenig beisst... kollege hat im moment genau das gleiche problem.
und natürlich die bootsequenz im bios einstellen. weitere infos dazu in deinem manual.
hast du noch irgendwo ne option in der du third party devices als bootable definieren kannst ? bei mir hat er am afang statt vom raid controller immer vom readyboost stick booten wollen 
